La population de Bosnie-Herzégovine a dû payer son autonomie au prix fort. Peu après le Référendum de mars 1992, au cours duquel plus de 60 pour cent de la population s'étaient prononcés en faveur de l'indépendance, éclate une guerre civile qui devait se prolonger jusqu'en 1995. On assiste à la montée croissante d'une hostilité entre des peuples qui avaient autrefois vécu en bonne intelligence - les Croates, en majorité catholiques (18 pour cent), les Serbes orthodoxes (un tiers environ) et les musulmans (40 pour cent) - et qui se soldera par le siège de Sarajevo, qui durera 1.395 jours.

Il faut attendre l'intervention de l'ONU et de l'OTAN pour que prenne fin la guerre civile. Les parties belligérantes acceptent en novembre 1995 les accords de paix de Dayton. La Bosnie-Herzégovine est depuis composée de deux unités administratives possédant chacune son propre gouvernement : la Fédération bosniaco-croate (FBC) et la République serbe (RS). Cependant, les deux unités possèdent également un gouvernement central, dont le siège se trouve dans la capitale, Sarajevo.

Il existe à Sarajevo une longue tradition d'effort d'entente interculturelle. Pendant les 400 ans de domination de l'empire ottoman, diverses communautés religieuses ont vécu ensemble en parfaite coexistence pacifique et la ville de Sarajevo était considérée comme un véritable havre de tolérance, où voisinaient étroitement églises, mosquées et synagogues. La population de Sarajevo donna asile en 1492 au juifs chassés d'Espagne, qui, contrairement à ce qui se passait dans d'autres villes, n'étaient pas contraints de vivre en ghettos. Lors de l'occupation de la ville par les troupes allemandes, en 1941, les principaux intellectuels et dignitaires religieux du pays signent la "Déclaration de Sarajevo", qui condamne l'extermination des minorités. Après la guerre du Kosovo, c'est à Sarajevo que se tient la Conférence des Balkans, dont le but est de rappeler qu'une coexistence pacifique est possible dans cette région.

Les différences culturelles en Bosnie-Herzégovine sont magistralement décrites dans les oeuvres du lauréat du Prix Nobel de littérature Ivo Andric (1892-1975). Le lecteur d'aujourd'hui trouve dans des romans tels que "Le pont sur la Drina" ou "Vézirs et  consuls" des explications extrêmement intéressantes aux événements ultérieurs de l'Histoire de la Bosnie-Herzégovine.