Avant la conquête des Espagnols, ce sont principalement des membres des populations Lenca et Maya qui vivaient dans la région qui correspond aujourd'hui au Honduras. Près de la frontière du Guatemala, on peut encore visiter les ruines de la cité Maya "Copán". Jusqu'au cours du 9e siècle, Copán était un des centres les plus importants de l'empire Maya.

Christophe Colomb atteignit le pays en 1502 et peu après les conquistadors entreprirent leur campagne de domination. Longtemps, les Lenca purent résister aux troupes de l'Espagnol Pedro de Alvarado. Le conquérant, connu pour sa brutalité, invita alors le chef des résistants, Lempira, à des pourparlers de paix en 1539, mais il le fit assassiner pendant cette conférence. Peu de temps après, la couronne espagnole contrôlait tout le territoire.

Vers la fin du 19e siècle - le Honduras était entre-temps devenu une république indépendante - l'exploitation minière devint le support de l'économie. Ce sont surtout les Garifunas, membres d'un peuple d'origine africaine, qui travaillaient dans les mines. En 1898 la compagnie américaine United Fruit Company implanta les premières plantations de bananes au Honduras et eut bientôt sous son contrôle non seulement les voies ferrées, les ports et de grandes étendues agricoles, mais aussi les décisions les plus importantes du gouvernement. C'est pourquoi le Honduras est aujourd'hui un des pays les plus pauvres d'Amérique latine, la United Fruit Company ne s'étant pratiquement pas intéressée au développement de l'infrastructure sociale du pays.

Après des années de dictature militaire, des élections présidentielles libres eurent lieu en 1981. Depuis, le Honduras traverse une lente période de démocratisation. Le développement économique a été très sérieusement touché en 1998, l'ouragan Mitch ayant provoqué d'énormes dégâts. Plus de sept mille personnes y laissèrent leur vie.