Antes de la conquista española en el actual territorio de la República de Honduras vivían sobre todo miembros allegados a los pueblos lenca y maya. Cerca de la frontera con Guatemala se puede visitar la ciudad maya de Copán. Hasta entrado el siglo XIX, Copán era uno de los centros más importantes del Imperio Maya. En 1502 Colón llegó al país y enseguida comenzó el proceso de conquista territorial por los conquistadores. Los lencas resistieron largo tiempo los ataques de las tropas del español Pedro de Alvarado. A causa de esto, en 1539 el brutal conquistador invitó a Lempira, conductor del movimiento de resistencia a un diálogo de paz . Sin embargo en la conferencia lo mandó asesinar. Poco tiempo después la corona española tomó el control sobre todo el territorio.

Hacia fines del siglo XIX, cuando Honduras ya era una República independiente, la explotación minera se convirtió en la espina dorsal de la economía. El trabajo en las canteras lo realizaban sobre todo los garifunas, miembros de un pueblo de origen africano.

En 1898 la empresa norteamericana United Fruit Company introdujo las primeras plantaciones de bananos en el país. La multinacional controló pronto no sólo las líneas de trenes, los puertos y grandes territorios sino también las decisiones de gobierno. Gracias al desinterés de la United Fruit Company en el desarrollo de infraestructuras sociales, Honduras es actualmente uno de los países más pobres de Latinoamérica.

Tras décadas de gobiernos militares, recién en 1981 se realizaron las primeras elecciones libres. Desde entonces, Honduras vive un lento proceso de democratización.

En octubre de 1998 el desarrollo económico sufrió un duro revés con las enormes pérdidas provocadas por el huracán Mitch que costó 7.000 vidas.